A primeira coisa que sugiro é exportar do Outlook Express e importar o arquivo de mensagens resultante para o Outlook. Por algum motivo, isso parece funcionar melhor do que apenas tentar importar diretamente para o Outlook.
Se isso não ajudar, então eu diria que a versão 6 do Outlook Express (que veio com o XP, eu acho) tem um tamanho máximo de caixa de correio de 2GB. Meu palpite é que as contas que não estão migrando todos os e-mails estão tendo esse limite - ou há outro arquivo de mensagens que você precisa importar que foi criado depois que a caixa de correio atingiu o limite de 2 GB ou a caixa de correio cresceu e foi corrompida.
Se houver apenas um segundo arquivo de mensagens que você precisa importar também, isso é bastante fácil - faça isso.
Se os arquivos de mensagens foram corrompidos para que o Outlook não possa importá-los diretamente, uma vez que o Thunderbird pode, você pode querer exportar o banco de dados do Thunderbird para um formato que o Outlook possa ler e colocar as caixas de correio no Outlook dessa maneira.