Execute este comando
find (Old dir) -depth -type f -o -type d | cpio -pamVd /New/Directory
copiará apenas arquivos e diretórios, mas não links simbólicos
Exemplo:
find . -depth -type f -o -type d | cpio -pamVd /root/mydir
isto copiará recursivamente todos os arquivos / diretórios do diretório atual para / root / mydir