O seu JRE6 precisa ser "instalado" através de Programas e Recursos? Se não, você pode simplesmente copiar os arquivos do JRE para um local predefinido no seu disco (seus aplicativos terão que apontar para isso), então o JRE 7 não estaria ciente da presença do JRE 6 e não o excluiria.
Caso contrário, outra opção seria tornar a sua pasta do JRE 6 "somente leitura", para que o instalador do JRE7 não possa eliminá-la.
Além disso, é só recentemente que o instalador do JRE7 desativou a instalação do JRE6 (acho que a partir do 7 atualização 13). Isso se deve ao recente Java " Explorações do dia zero "que comprometeram as versões anteriores do Java. No entanto, se você tiver uma versão mais antiga do JRE6 instalada, o instalador do JRE7 não poderá neutralizar as instalações mais antigas do JRE6.