O problema aqui provavelmente está nos caminhos dos filtros exclude
no rsync.
Os caminhos usados na lista de arquivos rsync são relativos ao caminho SOURCE.
Isto é, se a sua estrutura de diretórios é
/home/path/to/copy
| files_to_copy
| file1
\ file2
\ files_to_exclude
| file3
\ file4
Então, se você emitir o comando
rsync -avr -e ssh user@host:/home/path/to/copy \
/home/user/www --exclude='files_to_exclude/*'
Você receberá a seguinte estrutura na cópia
/home/user/www
| files_to_copy
| file1
\ file2
\ files_to_exclude
Se você não quiser ter o diretório files_to_exclude
na cópia, use o seguinte comando:
rsync -avr -e ssh user@host:/home/path/to/copy \
/home/user/www --exclude='files_to_exclude'