Existe um grande número de cabos 5E em volta que são insignificantes.
Mesmo se ele diz 5E na caixa ou no próprio cabo, isso não significa que ele possa realmente fazer isso.
É bastante comum que esse cabo caia para 100 Mb / s ou até menos.
Colocar o Gigabit em mais de 30 pés geralmente é uma grande façanha nesses casos.
Isso explicaria os 97 Mb / s entre (1) e (4).
Quanto aos 50 Mb / s quando o switch 2 está envolvido (no link de cobre e fibra, se eu ler a pergunta corretamente). Eu estou supondo que o switch 2 tem um problema de configuração muito estranho ou está com defeito.
Outra possibilidade que vem à mente é que a longa duração do cabo 5e entre (1) e (2) está causando muitos erros com os quais o switch 2 não pode lidar.