Os itens do menu do indicador estão em
/usr/share/indicators/messages/applications
Então, se você quiser se livrar de algo, você pode excluí-lo de lá. Por exemplo, exclua
/usr/share/indicators/messages/applications/evolution
para se livrar da evolução. Observe que isso afetará todas as contas de usuários e será difícil recuperá-las.
Para um método menos permanente, crie a pasta
mkdir ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/ -p
e copie os itens de menu que você não quer para lá
cp /usr/share/indicators/messages/applications/evolution ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/
Isso só será exibido para seu usuário. Claro, você pode remover itens da pasta da lista negra para recuperá-los.