Você usa o Dovecot, então cada arquivo na pasta maildir que tem :2,S
perto do final do nome do arquivo significa que ele foi sinalizado como "Visto" ou "Lido".
Mais informações úteis sobre os formatos do Maildir:
Um nome de arquivo de exemplo do meu Maildir:
1324304849.M312689P14620.subdomain.domain,S=24816,W=25415:2,Sa