você pode criar um arquivo chamado .htaccess e colocá-lo no diretório com a instalação do phpMyAdmin com o seguinte conteúdo;
deny from all
Se você tiver um VirtualHost configurado, precisará ativá-lo da seguinte forma:
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /var/www/html
ServerName www.mydomain.com
....
<Directory /var/www/html>
AllowOverride All
</Directory>
...
</VirtualHost>
Se você estiver usando o httpd.conf padrão do apache, ou seja, se os arquivos estão em /var/www/html , será necessário alterar o arquivo /etc/httpd/conf/httpd.conf dessa forma e service httpd restart change;
<Directory "/var/www/html">
...
# AllowOverride controls what directives may be placed in .htaccess files.
# It can be "All", "None", or any combination of the keywords:
# Options FileInfo AuthConfig Limit
#
AllowOverride None
para isso;
<Directory "/var/www/html">
...
# AllowOverride controls what directives may be placed in .htaccess files.
# It can be "All", "None", or any combination of the keywords:
# Options FileInfo AuthConfig Limit
#
AllowOverride All <------change this
Como mais uma sugestão de segurança. Eu geralmente recomendaria restringir o acesso à pasta de instalação do phpMyAdmin durante o uso de produção e desenvolvimento, simplesmente porque o phpMyAdmin é fácil de abrir, e é popular com bots para exploração automatizada por força bruta etc. Você pode permitir seu próprio IP (se você tiver um IP estático conhecido assim;)
Order Deny,Allow
Deny from all
Allow from 123.123.123.123