Suponho que você tenha a configuração de regravação de URL na raiz do seu site para index.php.
Portanto, se você estiver executando seu aplicativo MVC em um subdiretório, poderá cancelar o registro dessa regravação de URL index.php para esse subdiretório.
Para fazer isso, basta abrir o gerenciador do IIS, clicar no subdiretório em seu site e usar a caixa "Filtrar:" para digitar "reescrever" e ele permitirá que você entre na área de configuração da Regravação de URL.
Em seguida, você provavelmente verá uma regra de regravação listada lá que deseja selecionar (clique uma vez) e pressione "Desabilitar regra" à direita.
OK?