Esta é apenas a minha opinião, mas acho que arquivos PDF compactados com zip não são uma boa ideia.
Arquivos PDF quase sempre usam algum tipo de compactação internamente, FLATE é usado em geral para conteúdo de texto dentro de páginas, e compactação com perdas é geralmente usada para imagens (PNG, JPEG, JPEG2000 são comuns para imagens coloridas e CCITT ou JBIG2 são comumente usados para escala de cinza e monocromática). Recondicionar seus arquivos mais uma vez fornecerá pouco ganho (se houver) em termos de espaço e reduzirá a usabilidade do sistema como um todo.