Para arquivos crontab de todo o sistema (não-usuário), você precisa especificar um nome de usuário para executar o comando com suas permissões. Por exemplo:
* * * * * root cd /var/lib/foswiki && perl -I bin tools/mailnotify -user AdminUser -q
O exemplo acima irá rodar o seu comando com as permissões do usuário root , se você quiser mudar isso substitua root por outro nome de usuário.