Esta postagem sugere que RabbitVCS faz o que você quer. Fui ao site deles e, de fato, as capturas de tela sugerem que ele adiciona alguns ícones aos diretórios gravados com git:
Quando você usa o git para muitos projetos, às vezes pode ser difícil lembrar quais projetos você usa o git e quais não. É importante saber isso para que você faça alterações se fizer alterações nos projetos rastreados pelo git.
Existe uma maneira de marcar automaticamente arquivos e diretórios rastreados pelo git para que eles apareçam no Nautilus, por exemplo? marcando-os com emblemas?
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