Não, sua compreensão está um pouco errada. O registrador de domínio não faz nada além de pegar seu dinheiro e colocar seu nome e endereço em um banco de dados executado pelo registro para qualquer domínio de nível superior que você esteja usando. (Se isso soa como um rort, é). Na verdade, o GoDaddy não tem nada a ver com suas pesquisas de DNS, a menos que você também as use como provedor de hospedagem (o que, ao que parece, você não é).
Tudo o que você faz com o GoDaddy (ou qualquer registrador de domínio que você esteja usando) é dizer-lhes para informar ao registro quais são os seus servidores de nomes, para que o registro possa informar às pessoas que desejam acessar o seu domínio.
Eu diria que você provavelmente quer ter uma boa experiência através do artigo relevante da Wikipédia para ter todos os seus patos uma fileira.