Sim, isso deve estar bem. Você verá erros no log de eventos reclamando da incapacidade de replicar de controladores de domínio inacessíveis. Qualquer alteração iniciada ou iniciada pelo administrador (como alterações de senha da conta do computador) será sincronizada novamente assim que detectar que os controladores de domínio estão acessíveis.
A principal coisa a garantir é que cada site não tenha dependência do outro. Por exemplo, serviços como DHCP, DNS WINS e assim por diante. Você está acessando compartilhamentos de arquivos DFS autônomos ou compartilhamentos de arquivos DFS baseados em domínio? Você codificou algum aplicativo para usar um DC específico ou outro servidor localizado remotamente no outro site? etc ...