O MySQL não é responsável por gerenciar a troca no servidor; Esse é o trabalho do subsistema de gerenciamento de memória do kernel. O ajuste do kernel que rege esse comportamento específico é chamado de "swappiness" e você pode ler mais sobre isso aqui:
Basicamente, se um aplicativo solicitar alguma quantidade de memória e a memória do servidor estiver cheia, isso fará com que o aplicativo espere até que o conteúdo da memória ociosa seja paginado, o que causa latência no aplicativo. Como não queremos essa latência, o kernel tenta manter sempre certa quantidade de memória livre. Ao fazer isso de forma preventiva e em segundo plano quando o servidor fica próximo de ficar sem memória, ele garante que todas as novas solicitações de memória no servidor sejam atendidas imediatamente, acelerando as coisas sem afetar visivelmente os aplicativos em execução. Essa é a teoria, de qualquer maneira.
Às vezes você não quer isso, especialmente se toda a memória física do servidor deve ser usada como cache por algum aplicativo (por exemplo, MySQL). Nesses casos, você desejará diminuir o sysctl vm.swappiness para 0.