A curto prazo, claramente a confiança é o caminho a percorrer. A longo prazo, você quase certamente terá que migrar seu AD para o seu. Você provavelmente fará isso usando a Ferramenta de Migração do Active Directory e o Servidor de Exportação de Senha.
Sugiro que você leia este documento da Microsoft sobre como usar o ADMT e reestruturar domínios.