Provavelmente você não tem permissão para alterar permissões.
A propósito, no Linux, qualquer arquivo com a permissão de execução é considerado executável. Não importa se realmente contém algo que possa ser executado ou não.
Você pode definir o Nautilus para sempre abrir arquivos em vez de executá-los. Para fazer isso basta abrir uma janela do gerenciador de arquivos, vá em Edit- > Preferences, e na aba Behavior-set para "View Executable files when they are open"
Tente também alterar as permissões no terminal usando chmod -x
(e se você não tiver permissões para alterar as permissões sudo chmod -x
), algo como sudo chmod -x file.tex
(aqui r está dizendo que file.tex não é executável).