Você pode usar rsync para isso, por exemplo:
rsync /path/to/source /path/to/dest --bwlimit 2000 --progress
A --bwlimit flag é para limitar a velocidade de transferência, o parâmetro está em KBps, então 2000 é aproximadamente 2MB por segundo. O --progress é um toque extra legal para mostrar o progresso. (Pessoalmente eu uso rsync o tempo todo como cp com indicador de progresso ...)