Isso não é inteiramente verdade sobre o SQL Server. Você pode usar a compactação NTFS, mas você tem que aceitar um risco de corrupção de arquivo de log se o sistema falhar enquanto a compactação NTFS reescreve um setor. Verifique este artigo da Microsoft para obter detalhes.
O Mongodb não seria necessariamente diferente. Há um risco aumentado, mas isso só seria material em sistemas muito grandes e de alto volume.
Se você quiser usar a compactação do sistema de arquivos, seria melhor usar um sistema operacional e um sistema de arquivos no qual os servidores de banco de dados sejam suportados. Ou seja, Solaris e ZFS. Você tem a opção de usar o Oracle Solaris 11 Express, que é suportado pelo Oracle, ou um sistema criado no Illumos (antigo OpenSolaris), como o Nexenta.