Você pode usar a ferramenta de linha de comando s3cmd para fazer exatamente isso. Assegure-se de ter o s3cmd instalado:
sudo apt-get install s3cmd
Então, na linha de comando, você pode fazer muitas coisas (incluindo baixar um arquivo).
Execute isto para configurar a ferramenta para suas credenciais do S3:
s3cmd --configure
Então você simplesmente executa:
s3cmd get s3://<bucket name>/<file name> <local file name>
... para recuperar seu arquivo para o local de sua escolha.
Referência de todos os comandos está aqui: