Ele não deve prejudicar nenhum de seus sites, a menos que você esteja tentando fazer algo proibido em "modo de segurança". Que eu não consigo ver a quebra do joomla. O modo de segurança é apenas uma maneira de evitar que um sistema multi-usuário execute PHP de cada um dos usuários fazendo coisas malvadas uns aos outros usando scripts PHP (isto é, gravações de arquivos, leituras de arquivos). Eu não sei porque eles estão removendo, talvez alguém possa preencher esse espaço em branco?
No entanto, uma pergunta para você é:
Você está acompanhando os mais recentes patches para suas instalações do joomla?