A execução de um kernel do RT por meio de uma máquina virtual na caixa do Windows derrotará completamente o propósito de usar o kernel do RT?
Sim.
A própria VM está competindo pelo tempo / prioridade reais da CPU. O agendamento RT não terá nenhum efeito importante.
Se você está desesperado e pode, inverta o problema: Instale o Ubuntu no bare metal e rode o Windows no VirtualBox.