Eu não faria isso, por motivos de segurança, se o nível do aplicativo fosse exposto à Internet. Em caso afirmativo, eles devem estar em uma DMZ e não podem entrar em contato direto com sua DA interna. Imagine se eles estivessem rachados e fossem DCs. Más notícias, certo? E imagine se eles não fossem DCs, mas quebrassem e pudessem ser usados para montar ataques diretamente contra contas de domínio.
Se você quiser auth no seu AD, a melhor prática é usar algo como o ADAM e a replicação do AD ou algum tipo de proxy.
Se este é um aplicativo somente interno e não está exposto à web, você pode fazer o que quiser.
Editar - Outro comentário. Se você quiser autenticação de domínio estritamente dentro do ambiente do aplicativo (sua dúvida não está clara neste ponto), então você pode configurar um AD independente dentro do seu DMZ. Se você está agrupando o SQL, acho que você precisa de um domínio para isso. Permitir que a camada de aplicativo use esse domínio para se autenticar no SQL é melhor do que permitir que ele se conecte ao seu AD interno real. A "melhor prática" sempre deve ser ponderada em relação aos benefícios e riscos do que você está tentando fazer.