Este é um um bug razoavelmente bem documentado , introduzido em Maverick (10.10), já fixado em Natty (11.04) e backported para Maverick via PPA.
A descrição do erro tem os detalhes que você precisa para corrigir isso, mas, em resumo, você pode adicionar este PPA aqui para aplicar a correção para Maverick. NB: Eu não testei isso.
sudo add-apt-repository ppa:bratsche/gtk
sudo apt-get update
sudo apt-get install gtk+2.0 - 2.22.0-0ubuntu2~bratsche1
(em seguida, remova o repositório, talvez usando o Synaptic, ou a próxima atualização que você fizer receberá todos os pacotes adicionais dele)
Ou, se você não se importar com a estética, basta editar /usr/share/themes/Ambiance/metacity-1/metacity-theme-1.xml.
Defina os seguintes valores em frame_geometry_normal, conforme desejado:
<distance name="left_width" value="3"/>
<distance name="right_width" value="3"/>
<distance name="bottom_height" value="3"/>
Parece muito feio!