Se você tiver um diretório pessoal criptografado, como o Ubuntu faz com o EcryptFS, isso explicaria o que você está experimentando. Seu primeiro ~ / .ssh / authorized_keys ficará disponível após você ter feito seu primeiro login com senha.
Uma maneira de permitir o login direto por chaves ssh é específica AuthorizedKeysFile fora do diretório inicial. Isso pode ser feito usando% u (usuário) em vez de% h (diretório inicial) no caminho. Outra opção é colocar uma cópia de ~ / .ssh / authorized_keys na sua versão "desmontada" do seu diretório pessoal. Isso é o que estabelece sob a montagem EcryptFS.
No entanto, não tenho certeza do quanto de bom essas soluções realmente farão a você. Você ainda precisará fazer login usando sua senha para poder acessar seu diretório pessoal normal. É a sua senha de usuário que é usada para desembrulhar a senha necessária para montar / descriptografar seu diretório pessoal do EcryptFS. Sim, você ainda pode montar / descriptografar manualmente, mas isso quase parece uma questão diferente.