O erro The update does not apply to your system
significa que você já tem a atualização instalada ou está instalando uma versão do patch para um sistema operacional diferente daquele que está executando (também pode significar que você está tentando instalar a atualização versão bit, mas não estou 100% disso).
Apenas para confirmar, você deseja code.msdn.com e você quer o arquivo Windows6.0-KB979744-x64.msu (CBS: Vista / Win2K8) .
Se você está definitivamente instalando a atualização correta, confira o final de C:\Windows\WindowsUpdate.log
para ver se isso oferece mais informações. Se você precisar de ajuda para decifrá-lo, edite sua postagem original para incluir o final do arquivo relevante.