Se você estiver apenas procurando por autenticação, eu obteria a configuração de autenticação ldap nas máquinas Linux e AS400. Usar o NIS da SFU funciona, embora seja uma fera para começar a trabalhar em primeiro lugar.
Linux.com tem um bom artigo inicial.
O Quatrocentos Gurus tem um artigo sobre integração AD , embora não seja tão fácil -passo como o anterior. Honestamente, eu não sou tão familiarizado com o AS400, então talvez alguém possa entrar em contato com mais informações.