Grep para DocumentRoot em seus outros arquivos conf, como httpd.conf - ele é definido em qualquer lugar fora de seus vhosts? Não está claro a sua pergunta e os acompanhamentos se o seu DocumentRoot padrão estiver em / var / www. Você pode ter um DocumentRoot diferente apontando para uma árvore de diretórios totalmente diferente que não seja / var / www - nesse caso, alterar permissões em / var / www não afetará nada.
Além disso, quando você diz "acessar arquivos na webroot", o que quer dizer exatamente? Como você está acessando os arquivos?