Acredito que top
se rompe na classificação, ordenando por pid. O que isso significa é que todos os processos que estão considerando o uso de 0.0% em qualquer momento serão realmente classificados pelo seu pid. Os processos com o menor pid serão, obviamente, os relacionados ao kernel, etc, e são aqueles que você está vendo no topo, já que o pid para seus processos php-cgi são muito superiores a 100 e, portanto, muito abaixo na lista de 0,0% de processos.
Espero que ajude.