Isto vai ser bastante difícil, mas a única coisa que você pode fazer para garantir o tempo de atividade é configurar um segundo servidor temporário (eu acho que esta será uma estação de trabalho recomissionada ... boa sorte com isso!) e configure-o para fazer TUDO que o servidor atual esteja fazendo.
Configure como um controlador de AD completo, replicando eveything. Configure seu DHCP, DNS, WSUS, qualquer coisa que o primeiro servidor esteja fazendo. Teste, teste e, em seguida, teste novamente. Usando o DFS, sincronize o redirecionamento de pasta para o novo servidor.
Em seguida, desconecte o servidor principal da rede. Assegure-se de que tudo funcione. Faça mais testes. Antes de você neutralizar o servidor, deixe-o por 24 horas, desconectado, para ter certeza de que não surjam problemas de última hora (use esse tempo com sabedoria - faça uma imagem do servidor usando Ghost ou similar, então se tudo der certo, você pode reverter facilmente).
Agora, você pode configurar a reconstrução do seu servidor. Depois que for reconstruído, um por um transfere os serviços de volta para ele. Junte-se a ele para fazer o domínio, promova-o para um controlador de domínio, replique tudo de volta para ele, sincronize novamente o DFS, etc etc.
Quando tiver certeza de que tudo está funcionando novamente, desconecte o servidor temporário. Mantenha-o à mão por alguns dias para ter certeza de que tudo está OK antes de você voltar ao estado original.
Se você puder, provavelmente é melhor se você fizer uma noite inteira para fazer as alternâncias (as duas). Fazê-lo no meio da noite significa que há pouca chance de alguém tentar acessar algo durante o processo de transição, e se ele não funcionar você pode parar, reverter, dormir um pouco e tentar novamente na noite seguinte.