Bem, o Mono é provavelmente a opção mais leve, com a melhor integração do sistema. Também tem o maior risco de problemas de compatibilidade.
Meu conselho:
Experimente o Mono primeiro. Se você não conseguir fazê-lo funcionar, provavelmente precisará usar a virtualização. Eu já ouvi coisas boas sobre o Xen, mas outras também são boas. Provavelmente faz sentido tentar uma solução de virtualização que você já está usando, se houver uma.