Eu percebi isso. Foi realmente muito fácil. Eu sou apenas burro. Estou postando minha "solução" (se você puder chamá-la assim) no caso de outro noob ter o mesmo problema.
Eu criei o DomainAlias setup.domain.com e habilitei o serviço DNS local. Feito.
Observação: quando criei o alias de domínio, desativei a sincronização da zona DNS, porque não queria que o subdomínio (setup.domain.com) fosse apontado para o servidor antigo, que atualmente está atendendo domain.com