A exibição correta, porém parcial, do arquivo de apoio é aquela fornecida pelo sistema host. Em outras palavras: se o host relatar um arquivo como fragmentado, ele é realmente fragmentado, independentemente do que o convidado diga.
Além disso, como seu arquivo de apoio é uma imagem qcow2 que, por si só, usa duas camadas de tabela indireta, o arquivo de disco provavelmente é mais fragmentado do que o que xfs_db
reporta.
Sugiro que você verifique seus arquivos com qemu-img check
para entender melhor o nível de fragmentação de cada disco virtual.