Eu sempre tenho /var em uma partição separada e nunca tive problemas com isso. Fazer isso desta maneira evita que um aplicativo com comportamento inadequado (como o servidor de banco de dados, mas também arquivos de log em /var/log ) consuma todo o espaço no disco. Claro que também funciona ao contrário. Se alguém (ou algum programa) decidir gravar arquivos enormes em /tmp , isso afetaria também o banco de dados se /tmp e /var residissem na mesma partição.
Se você planeja colocar partes de sua hierarquia de diretórios em diferentes partições, sugiro dar uma olhada no LVM (o Logical Volume Manager). O LVM permite que você estenda dinamicamente suas 'partições' (chamadas de Volumes Lógicos ou LVs no jargão do LVM). Isso significa que se o seu LV contendo /var/ estiver quase cheio, você poderá estendê-lo, aumentar o sistema de arquivos rapidamente e continuar sem qualquer interrupção em seu banco de dados.