Por favor, olhe em /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf, ele tem este comentário:
# To re-enable php in user directories comment the following lines
# (from <IfModule ...> to </IfModule>.) Do NOT set it to On as it
# prevents .htaccess files from disabling it.
Depois de alterar o arquivo, reinicie o Apache com service apache2 restart
.