"Aplicar uma vez e não reaplicar" significa que a configuração será aplicada na primeira vez que o GPO for executado em relação ao usuário ou objeto de computador de destino e não será aplicado novamente nas execuções subsequentes. Não será aplicado novamente no GPUpdate.
Pense nisso configurando uma configuração de "primeiros passos" que o usuário pode alterar, por exemplo, definindo uma preferência para a página inicial padrão no IE como www.example.com na primeira vez que um usuário efetua login e gera seu perfil , mas permitindo que o usuário mude a página inicial depois.