No Apache ...
Você pode remover os protocolos que não deseja suportar.
SSLProtocol all -SSLv2 -SSLv3
Você pode criar criptogramas com base em sua preferência e configurar o sistema para segui-lo / negociar nessa ordem.
SSLHonorCipherOrder on
Aqui está um bom gerador de criptografia SSL que está sempre atualizado com as mais recentes Cifras. De Mozilla .