Já considerou a possibilidade de o seu sistema local já estar infectado e possuir um keylogger que registra todas as suas senhas, etc.? Especialmente se seus adversários podem estar atacando você diretamente?
Eu sugeriria o seguinte:
- Use um sistema local seguro, por exemplo, um sistema inicializado a partir de um LiveCD adquirido oficialmente (ou apenas um amigo que você conhece tenha um sistema seguro) para garantir que não é você quem está infectando seus servidores
- Instale os servidores a partir de uma imagem ISO verificada. Você pode fazer o download da imagem via HTTP, mas o arquivo checksums deve estar protegido por HTTPS para evitar adulterações. Em seguida, verifique conforme instruído no site da soma de verificação.
- Instale o ISO apenas com "mínimo" ou "sistema básico". Não selecione nenhum outro serviço. Use senhas strongs para logins root e de usuário e anote-as no papel (use pelo menos 12 caracteres, alfanuméricos aleatórios e símbolos).
- Atualize seu sistema totalmente conforme descrito no site de ajuda da distribuição. Também configure atualizações automáticas, pelo menos atualizações de segurança, conforme descrito pela distribuição.
- Configure suas chaves SSH para usar arquivos de chaves protegidos por senha. Salve-os localmente em um pendrive limpo ou grave-os em um CD-ROM. Desative o login da senha SSH no servidor depois que tudo funcionar com o login keyfile. Opcionalmente, desabilite o login root (somente após você ter criado outra conta de usuário com direitos sudo e ter testado o acesso SSH).
- Agora você pode instalar seus serviços como HTTP ou PHP. Não leia algum site aleatório que lhe diz para chmod 777 tudo, mas apenas os sites dos projetos de software em si. Vá do simples ao difícil, comece com um serviço e só faça o próximo se o primeiro funcionar perfeitamente e com segurança.
Se você ainda for hackeado, considere pagar alguém por um serviço hospedado e fornecer apenas o conteúdo. Isso também pode ser uma opção se você acha que qualquer uma das etapas acima é cansativa, muito longa, muito difícil ou inútil.