Os tempos de inicialização mais lentos geralmente são conectados ao desempenho de armazenamento lento e, dependendo do tamanho do disco da máquina virtual, pode levar mais tempo para ser iniciado, no entanto, 1 hora é "um pouco" demais. Eu começaria com o benchmarking de seu armazenamento dentro da máquina virtual do Exchange para descobrir se não está sufocando.
Eu tenho quase a mesma configuração do Exchange 2016 em execução em uma VM do Hyper-V e tive problemas semelhantes com o desempenho (a inicialização foi OK, mas o desempenho geral não foi bom o suficiente). Eu consegui 16 GB de RAM e 8 vCPU para 10 usuários. Funciona muito bem com essas configurações.