Este bug é o seu problema. Drivers de intel com bugs. Existem algumas soluções muito feias que eu mesmo tentei fazer que os artefatos desaparecessem, mas (no caso de minecraft, pelo menos) não ajudam a tela a piscar.
EDIT: Aqui está a solução que eu criei. Em primeiro lugar, você precisará de uma versão mais recente do intel-gpu-tools para ajustar alguns dados. Procure aqui para escolher uma versão mais recente. Você pode adicionar o PPA, mas para evitar muitas atualizações desnecessárias eu recomendo apenas baixar manualmente o pacote através de "Visualizar Detalhes do Pacote", em seguida, expanda a entrada para a série oneiric e baixe o pacote AMD64 ou i386, dependendo se você tem 32 ou 64 bits. Instale o pacote.
Com isso instalado, você vai fazer um crontab. Isto irá executar um comando AS ROOT na inicialização. Execute o comando:
sudo crontab -e
no terminal. Digite sua senha. Ele perguntará qual editor usar. Basta escolher o padrão (nano). Role para baixo até a parte inferior e, em uma nova linha, digite o seguinte:
@reboot intel_reg_write 0x9404 0x00001800
Para salvar e sair, pressione control + x, digite y e pressione enter. Execute uma reinicialização.
De agora em diante, os artefatos não devem mais estar lá.