Não use o fdisk em um disco particionado por GPT. O Fdisk não sabe sobre os cabeçalhos da GPT e, em algumas circunstâncias, pode sobrescrevê-los acidentalmente (isso é raro, mas pode acontecer), e também não entende as coisas extras que a GPT coloca.
Se você quiser manter o disco como GPT, use o gdisk da maneira que você usaria o fdisk (eles são muito semelhantes em sua interface). Se você quiser apenas usar um MBR, use o gdisk e depois os comandos x seguidos por z , mas lembre-se de que isso excluirá tudo no seu disco , portanto, não faça isso a menos que você não use Não preciso de nenhum desses dados.
TL; DR: o fdisk verá os discos particionados por GPT como fora de alinhamento, então você deve usar o gdisk indo para frente ou excluir a tabela da GPT e usar o fdisk.