Eu recomendo que você verifique seus logs (/ var / log / *) para mensagens como "NCQ desativado devido a erros excessivos", mensagens deste tipo e similares (tente procurar por qualquer coisa com "ata" também) que você está tendo erros nos seus links SATA e estes podem fazer com que o Linux desative o NCQ e então você terá um desempenho muito ruim.
Eu escrevi uma versão mais longa há algum tempo no meu blog: link
Os erros podem vir do próprio disco ou dos links, você pode tentar substituir os cabos. O post do blog indica algumas outras coisas que podem ser feitas para aliviar esse problema.