Bons programas projetados para serem implantados pelo GPO virão com instruções para configurá-los - seja personalizando o arquivo MSI, incluindo um arquivo de configurações ou com modelos de política de grupo. Alguns produtos da Adobe vêm com uma ferramenta que permite personalizar quase todas as configurações e, em seguida, gerar um arquivo de transformação que você implanta junto com o MSI. Estes são os mais fáceis de trabalhar.
Para programas que não incluem esses recursos, você geralmente precisa descobrir quais arquivos e chaves do Registro precisam ser alterados e implementá-las também por meio de políticas de grupo. O Process Monitor da sysinternals ajudará a identificar quais arquivos e chaves de registro serão alterados.
Como alternativa, existem vários programas disponíveis para capturar todas as alterações feitas em um PC enquanto você o instala e configura e, em seguida, gera um novo arquivo MSI que faz essas alterações em outros computadores. Isso é geralmente chamado de reempacotamento. Goolging para coisas como 'capture install' e 'msi repackaging' trará muitos guias e opções de software. Há prós e contras para fazer isso dessa maneira, então você terá que fazer algumas pesquisas e ver qual método funciona melhor para este programa em seu ambiente.