Você deseja arquitetar seus EC2s para que eles não tenham dados exclusivos, pense neles simplesmente como máquinas de computação.
Você tem algumas opções.
S3
Serviço escalável e confiável para armazenar e recuperar arquivos. Ele não funciona bem como um sistema de arquivos, por isso, se você está fazendo muitas leituras e gravações, não é uma ótima solução.
CloudFront (CDN)
Arquivos estáticos (css, js, imagens) podem ser exibidos fora do CloudFront (que podem obter seus dados de S3 ou EC2s). Isso melhora muito o desempenho, portanto, você pode usar o S3 para obter seus arquivos e servi-los no CloudFront.
GlusterFS
Você pode usar um cluster de EC2s como armazenamento conectado à rede. É claro que isso adiciona um pouco mais de complexidade à sua configuração e não é a solução mais rápida.
Elasticache / Memecached
Você pode hospedar seu próprio memecached ou usar o serviço Elasticache. Essa solução não é armazenamento de arquivos, mas é útil como um sistema de cache de objeto de memória distribuída de alto desempenho.