Você pode passar opções para o dpkg do apt. Interessante para você seria a opção --force-confold. O comando é assim:
apt-get -o Dpkg::Options::="--force-confdef" -o Dpkg::Options::="--force-confold" upgrade
Configurar --force-confdef
faz com que o apt-get ainda atualize o arquivo de configuração se ele não tiver sido editado, enquanto --force-confold
manterá os arquivos de configuração editados sem perguntar.
Para tornar isso permanente, você também pode definir essas opções em seu arquivo apt.conf:
Dpkg::Options {
"--force-confdef";
"--force-confold";
}
Verifique, por exemplo link