Você pode ignorá-lo, no entanto, para práticas recomendadas, você deve especificar o usuário em execução.
uwsgi --emperor /path/to/vassels/* --uid www-data --gid www-data
Está reclamando que o processo do emperor está sendo executado como root. Agora, embora isso não atenda a solicitações, pode ser um problema em potencial. Cada um dos vassels terá a configuração que você especificou.
É sempre aconselhável, se possível, executar um processo isolado.