A melhor opção é não desabilitar o ISTG e deixar o KCC fazer a coisa dentro dos limites definidos nos Serviços e Sites do Active Directory. Com base nos seus comentários acima, você não tem motivos para desativar o ISTG. Isso é o que eu recomendaria.
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Desative a opção "Conectar todos os links do site" em Sites e Serviços. Isso impedirá que dois links de sites individuais sejam tratados automaticamente como transitivos. Como seus spokes não podem se comunicar, isso é importante.
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Crie um link de site para cada filial e o hub, se ainda não tiver. Por exemplo, se você tiver sites de filiais nos Serviços e Sites do AD chamados "Boston" e "Filadélfia" e um site de hub chamado "HQ", você deve ter dois links de site: Um com o nome "Boston-HQ" que contém apenas esses dois sites e um segundo link de site chamado "Philadelphia-HQ", que contém apenas esses dois sites. Como a ponte de links de sites está desabilitada, o Philadelphia não tentará se comunicar com Boston. Nunca inclua dois spokes que não possam ser comunicados no mesmo link de site .
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Reabilite o ISTG onde quer que você o tenha desativado.
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Exclua todas as conexões de replicação criadas manualmente.
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Execute
repadmin /kcc
em cada DC para forçar a geração automática de conexão de replicação.
Criar links de site manuais e impedir que o KCC execute suas funções importantes raramente é necessário e não parece que você tenha um argumento convincente para fazer isso. A geração automática de conexões de replicação é muito preferida de uma perspectiva de gerenciamento e disponibilidade. Se você reavaliar seu design atual, sua pergunta atual se tornará irrelevante.