Verificar a integridade do site toda vez que ele é acessado parece ser uma maneira estranha de abordar isso.
Recomendamos que você use um sistema de monitoramento de integridade de arquivos , que verificaria seu site em relação a um 'bem conhecido ' linha de base. Estes irão muito além da simples verificação MD5 - eles normalmente usam hashes muito mais strongs, como o SHA-256, e também verificarão atributos, propriedades de segurança, etc. As verificações de integridade podem ser automatizadas e você pode programá-las para serem executadas em intervalos curtos. Qualquer bom também virá com capacidades de alerta.
Se você estiver usando o Linux, procure no Tripwire . Se você estiver no Windows, considere algo como Ionx Verisys .
Você também deve garantir que o servidor seja reforçado adequadamente. Como você vai sobre isso vai depender do seu sistema operacional.