Desfragmentar o disco enquanto o SQL Services está sendo executado é tão seguro quanto executar a desfragmentação com os serviços interrompidos ou em outros dados não relacionados ao banco de dados (*).
O aplicativo Windows Defrag, bem como praticamente todas as alternativas, usam as APIs de desfragmentação do sistema de arquivos embutidas no sistema operacional e no sistema de arquivos, portanto, não deve haver nenhum grande risco de desfragmentar arquivos abertos.
Seu desempenho nessa unidade será muito afetado, no entanto, o que pode valer a pena ser pensado, dependendo de quão responsivo você precisa que o banco de dados esteja disponível, mas isso é tudo o que você precisa se preocupar .
(*) Eu não aconselharia nenhuma grande operação de manutenção de disco a menos que você tivesse um backup, mas é claro que você tem um backup - é o seu banco de dados SQL, certo?