Você deve encerrar as VMs antes de copiar os arquivos VHD. É possível copiá-los enquanto o Hyper-V estiver em execução ao fazer instantâneos da VM (os VHDs básicos são bloqueados pelo Hyper-V para leitura / gravação quando não há instantâneos, mas somente para gravação quando há instantâneos).
Existe uma boa chance de corromper a VM se você copiar o arquivo VHD sem desligá-lo primeiro. O que é corrompido é extremamente difícil de dizer. Bancos de dados são comumente corrompidos copiando seus arquivos sem "notificar" o SGBD sobre o instantâneo (e na maioria dos casos é mais fácil simplesmente desligar o sistema).
Arquivo semelhante corrompido pode ocorrer com arquivos que são críticos para iniciar as VMs também, o registro é um banco de dados também. Já vi muitos outros problemas estranhos, apesar de ser um lance de dados.
Em qualquer caso, aplica-se a regra principal dos backups, se você não tentou restaurar a partir de um backup, deve sempre presumir que o backup falhou. Até que você restaure as VMs nas novas unidades, certifique-se de manter as antigas em ordem de operação ...